行政班子建立起来之后，商毅的事情也减少了许多，可以把主要精力都投入到军队建设和军事后勤建设中去。枪杆子里出政权，在任何时代都是名副其实的至理名言。因此商毅也十分清楚，军队才是自己在这个时代立足的基础。没有一支强大的军队，其他一切神马都是浮云。
目前驻浙江的商家军一共有四个正式团，两个特种营，铺兵两千多人。共有名类火枪八千多枝，各种大小火炮两百余炮。虽然和这个时代的明军相比，商家军的火器比重以经很高了，但依然还是出现了很大的缺口，目前只有二、三、五团是装配全额的火枪火炮，新组建的第六团虽然也进行了火枪射击训练，但还没有装配上火器。暂时还是只能使用冷兵器。
不过在招兵方面，还是颇有成效，商家军入驻杭州一个多月，以经招募了两千多名新军，现在预备军也有近三千人。另外还收陇了相当一部份在叛乱中被打散的明军，也有三四千人，商毅将他们全都编到预备军中一起训练。如果再加上昌国卫的四千多人马，现在商家军后预备军又有一万左右，差不多又能编成三个团。
同时商家军还有近三万俘虏大军，经过了几个月的强制劳动改造之后，其中有一部份人的表现相当不错，商毅也预备，在开年之后，从俘虏中选拔一批人出来，补充到军队中来。而且这本来就是他计划中的事情。
但这样一来，火炮火枪的缺口就更大了。但这也是没有办法的事情，现在兵工厂的建设才是初居规模，就算是部份投产，至少也要等到明年二三月的时候。现在杭州只能配制枪炮的弹药，而其他从穆陵关迁过来的工匠和商毅在南京要来的工匠，只能暂时在孙和鼎的指挥下，做一些准备工作。而真正想要达到满足全军的供应，至少要等到一年以后。但到那个时候，军队的规模又会进一步的扩大，看来总是一个矛盾的问题。
在资金的物资方面，商家军南下之后，先坑了张献忠一把，在浙汢又吞了叛军搜刮的钱财，在入主杭州之后，共有存银一百三十多万两，不过现在花得也凶，一下差不多用去近三十万两。山东那边还有约六十万两的存银，总体来看供应一二年应该没问题。而在粮食储备方面，现在以经屯集各类米、面、杂米三十余万石，也很充足。有粮有枪，心里不慌。
不过丝绸厂虽然开业了，但想等到有收益，至少也要到半年以后。这事也急不来，毕竟这块根据地才刚刚打下来，百废待兴，一切只能慢慢的来。
而在海军方面，商毅陆续调集浙江各海防卫所的战船，到是又弄到六十多艘战船，不过基本都是昌国卫那样的四百料、二百料小船，不过也是聊胜于无，想形成海上的战斗力，还差得很远。
另外商毅定购的三艘一千料大船都以经开始在胡滨江的造船作坊里开始修建。在杭州建造的船厂也以经选好了地址，就在杭州府和嘉兴府交界的海盐凤凰山脚下，里杭州城大约有五十里的路程，这时也以经开工建设，商毅拔调了五千俘虏劳动力，参与船厂的修建工作。而商家军新成立的海军也驻扎在造船厂附近，一面练军，一面也是管理俘虏。
海军建设是目前军队建设的重中之重，因此商毅把杭州的事情料理清楚之后，立刻又赶到了造船厂，视察造船厂的工程进度。
来到了船厂的地址，只见沿海扎着无数的帐蓬，在帐蓬的一侧，正在修建着数排砖木结构的房屋。留守营地的黄震和胡江滨带着十几个徒弟，出来迎接商毅。而商毅也顾不得休息，就要胡江滨领着自己去观看工程的进行情况。
胡江滨带着商毅一行人来到了海边，只见离海岸约有数百米的地方，以经挖出了一个巨大的长方形大坑。据商毅的目测，这个大圪长约八十米左右，宽约三十米左右，现在以经挖下了一人多深。而在大坑的外围，还砌出一圈围墙。而这时还有无数的人正在坑里坑外工作着。
胡江滨道：“大人请看，这就是第一个船坞，我是按照两千料大船的尺寸开挖的，不过两千料的大船吃水都在两丈以上，因此这个船坞至少要挖两丈五尺深，周边还要用石抉砌围堰，然后才能开始造船。”
商毅点点头，这个时代排水量在一千到一千五百吨的海船一般的长度都在五十到七十米，宽约十到十五米，吃小六到八米。英国在1637年下水的“海上君主”号大帆船的总长为七十米，船身长五十一米，宽十四米、高二十三米，吃水六.八米，总重量为一千六百八十三吨，服役达六十余年之久，在此其间也成为大英帝国海上霸权的像征。因此胡江滨开出的船坞基本苻合一千吨以上战船的要求。于是道：“这个船坞修好，还要多少时间？人手还够吗？如果不够，我还可以再多拔调人手过来。”
胡江滨道：“预计最迟今年年底，这个船坞就可以建好了！不过现在是开第一个船坞，人手以经够了，再派多的人来，也没有他们干活的位置，等这个船坞修好了以后，工人们有了经验，而且又有样板了，我打算两个船坞一起开工，到那时再增加人手吧。”
商毅点点头，从卫兵手里接过一个长条布包，递给胡江滨，道：“图纸我以经给你带来了，是不是船坞造好了，就可以开始造船了？”
胡江滨一听图纸拿来了，赶忙接了过来，立刻就迫不急待的把图纸打开，一边看一边道：“原来宝船是这个样子的…只要是材料齐全…这图纸画得好详细啊，我还是第一次见到这么细的图纸…船坞一造好，就可以开始造船…哦…原来六桅是这样分布的…”
这套宝船的图纸是商毅从电脑中调出的后世仿制宝船的图纸，一共有十五张,是商毅花了几个晚上依样画葫芦，只画出来其中主要的五张，剩下的十余张细节图还没来得极画出来。虽然商毅不是画家，但作为特种兵，也学过基本的绘画技术，仿画几张船模的图纸，还是不在话下的。而实际上中国古代的所谓图纸都十分粗糙，只能只个大概样子，因此商毅仿画的图纸在这个时代,确实算是详细图纸了.
商毅见他看得入了迷,心里也不觉有些好笑，拍了拍胡江滨的肩，道：“胡师傅，现在不要急，图纸就留在这里，你慢慢看吧。”
胡江滨这才回过神来，也觉得有些不好意思，道：“让大人见笑了。”
商毅道：“好了，现在天色还早，我去看一下士兵训练，你先回营房去吧，过一会我再来找你。”
胡江滨忙道：“大人，还有一件事情，小人要像您禀报。”
商毅道：“什么事情？”
胡江滨道：“我们当到这里划量土地的时候，曾经有人找过我们，说这片土地的地产是他们家里的，要在这里盖船厂，毎年要向他们交一万两白银作租金。但小人明明是看中了这里是荒地，才在这里建船厂，于是向他们要地契来看时，他们不但拿不出来，而且还出言不逊，还想动手动脚的。后来还是成将军和黄将军带人赶来，他们才退走。但随后几天都有人过来转悠，幸好成将军派人看守严密，他们到是没敢胡来。”
商毅道：“你没有告诉他们，这是商家军的船场吗？”
胡江滨道：“小人自然是说了，但他们依然肆无忌惮，虽然不敢胡来，但却说了不少难听的话。”
商毅点点头，道：“他们是什么人？你清不清楚？”
胡江滨道：“后来我们打听过，原来他们是海盐县的一个马家寨的人。听说马家寨是这一带的一霸。过去连官府都奈何不了他们。”
商毅道：“好，我明白了，你放心吧，马家寨的事情，就交给我来处理好了。”
胡江滨道：“多谢大人了，小人先告退了。”
随后，商毅又带人来到了海边，这时一队士兵正在海边练习游泳。海军的士兵是分成两批，一批留守营地，一批参加训练，轮流替换的。当然首先要学的，自然就是游泳，然后是熟悉船只，学习扯帆、观风、掌舵、下锚等等操船的技术。
商毅等人来到了海边之后，只见吴全福和他的三个儿子一个女婿这时都光着上身，赤着脚在岸边观察着水里的士兵情况。虽然这以经是初冬季节，但吴全海一家都是蛋民出身，常年在海上就是这样，因此到也不觉得寒冷。
一见商毅来了，吴全福立刻带着儿婿，就给商毅跪下，叩头不止。原来现在吴全福一家都是商家军的游泳、使船教官，每天都付责教士兵们这些基本技术。
因为他们是蛋民出身，游水使船是家常使饭，教士兵们当然是绰绰有余。但对吴全福一家来说，却是身平第一次能移踏踏实实的到岸上定居，而且还当上教官，不仅受到士兵们的尊重，收入更是比过去多了十倍，既使是靠五个男人工作，也完全可以让全家人都过上舒适安定的生活，因此吴全福一家对商毅自然都是感激涕零。